No creo que eso aún se sepa. Los documentos que leo hablan de cómo el lisosoma se convierte en un -fagosoma y disuelve cosas. Nada parece apuntar a que nadie sepa cómo sabe hacer esto.
Sin embargo, hipotéticamente, debería apuntar a otros orgánulos mediante marcadores proteicos, las mitocondrias mueren y liberan proteína B que atrae a un lisosoma cercano y lo hace. Al igual que SLC38A9 y mTORC1 interactúan para regular la función celular. Aunque esto tampoco se entiende bien.