¿Qué le sucede a la estructura atómica de una célula justo cuando la materia viva muere?

Nada. Los átomos no cambian a menos que estén sometidos a radiaciones que modifican su núcleo o capas electrónicas. Lo que sí cambia es la estructura molecular de la célula. Las moléculas se romperán llevando a otras moléculas en el proceso de putrefacción. Sin embargo, los átomos seguirán siendo los mismos para los mencionados anteriormente. No hay cambio en los átomos, sino en las uniones entre ellos.