Los microbios usan los desechos sólidos orgánicos presentes en las aguas residuales como su alimento o fuente principal de carbono. Las aguas residuales no son más que el 99,99% de agua y el 0,01% de desechos sólidos que causan todos los problemas.
Ahora los microbios pueden ser de diferente tipo, basados en el hecho de que necesitan oxígeno para oxidación o no, es decir, aeróbico, anaeróbico y facultativo.
El principio fundamental básico sigue siendo el mismo, los microbios necesitan energía para varias funciones de la vida y para crecer, la obtienen del consumo de desechos orgánicos y al hacerlo limpian las aguas residuales.