Las alergias ocurren cuando el sistema inmune trata las cosas inofensivas como patógenas. En general, tener un sistema inmune que sea bueno para protegernos contra agentes externos es algo bueno, y hasta cierto punto, el desarrollo de alergias (y autoinmunidades) es un efecto secundario de un sistema inmune fuerte.
La hipótesis de la higiene para las alergias indica que uno de los principales contribuyentes a las alergias es un sistema inmune que, durante el desarrollo, no fue desafiado con objetivos suficientes. Por lo tanto, crece para reaccionar en exceso a algunos de los objetivos benignos que se ha presentado (como el polen). Los niños que crecen en entornos ricos en microbios, como los que se encuentran en países del 3er mundo, aquellos en áreas rurales, o incluso aquellos con mascotas o muchos hermanos, tienen menos alergias que los niños que crecen en condiciones más estériles. Aún más específicamente, las alergias son causadas por la clase de anticuerpos IgE, que ha sido implicada en la respuesta inmune a gusanos parásitos. Hoy en día, muy pocas personas en los países desarrollados están incluso expuestas a gusanos parásitos, lo que deja todo un brazo del sistema inmune sin “nada que hacer”.
Hasta hace unos 100 años, todos habrían crecido expuestos a la suciedad, desechos humanos, animales, gusanos y todo tipo de influencias insalubres. En esas condiciones, tener un sistema inmune fuerte capaz de reaccionar a muchas amenazas a la vez y capaz de repeler gusanos hubiera sido algo muy bueno, algo por lo que la evolución sería muy importante. Sin embargo, en el mundo sanitizado de hoy, tener defensas tan fuertes ha fracasado. Debido a que el saneamiento es un desarrollo extremadamente reciente (y, honestamente, frágil) y porque tener la mayoría de las alergias no disminuye la capacidad reproductiva (especialmente con la invención de EpiPens y hospitales), es poco probable que la evolución actúe para seleccionar alergias si eso significa disminuir la solidez general del sistema inmune.