Realmente no sabemos, porque es difícil hacer los estudios necesarios (escaneos PET, EEG, MRI, MRA) exactamente en el momento en que la migraña está ocurriendo. Sin embargo, hay algunas pruebas de que la “depresión de propagación cortical”, que es uno de los correlatos neurológicos de la migraña, se produce en la corteza occipital, la parte posterior de la corteza cerebral, y esta es la parte del cerebro que es más probable involucrado en los síntomas visuales (El Aura) que ocurren temprano en algunas migrañas. Sin embargo, incluso se observa una activación más temprana en el hipotálamo, y la activación de esta parte del cerebro parece ser esencial para el inicio de la migraña. Otras partes del cerebro medio y la protuberancia también pueden estar activas al inicio de las migrañas. Finalmente, la mayor parte del dolor parece ocurrir cuando se activa el nervio trigémino.
Hay migrañas puramente “oculares” o retinianas en las cuales los síntomas ocurren solo en un ojo, y son diferentes de las “migrañas oftalmológicas” que comienzan en el cerebro. Creo que las migrañas puramente oculares (los síntomas solo en un ojo, no en un lado del campo visual, sino en ambos) son mucho más raros que las migrañas regulares con o sin aura visual. En al menos un caso informado, se observó vasoespasmo de los vasos retinianos durante una migraña retiniana.
