Intenté hacer mi investigación antes de responder esta pregunta. Puede ser difícil determinar qué conocimiento debe o no debería haber tenido Claire debido a las múltiples líneas de tiempo y al agregar las líneas de tiempo de Geillis Duncan a la mezcla solo empeora.
Creo que la confusión proviene de que Claire reconoce la cicatriz en el brazo de Geillis como una cicatriz de la vacuna contra la viruela que también tiene Claire. Ella lo reconoce porque el procedimiento para una vacuna contra la viruela no cambió notablemente entre el momento en que Claire recibió su vacuna contra la viruela y cuando Geillis recibió la suya. La vacuna contra la viruela se inventó por primera vez en 1796 y, aunque el método cambió un poco, las personas se vacunaron contra la viruela hasta aproximadamente 1972 cuando la enfermedad fue erradicada. Eso significa que Claire podría haber reconocido a cualquier persona, al menos a cualquier persona de un país con medicina moderna, que era del futuro, siempre y cuando esa persona naciera antes de 1972 debido a que tendrían la misma cicatriz de vacunación.
Claire no tiene ningún conocimiento erróneo del futuro para reconocer la cicatriz de Geillis por lo que era, en lugar de la marca del demonio como Geillis le dice al juicio de la bruja. Ella solo sabe que Geillis vino de 1968 en lugar de su propio tiempo porque Geillis le cuenta el año en que ella, Geillis, es en realidad por medio de un mensaje transmitido por Dougal.
Spoilers adelante de este punto.
Claire habría pasado por alto avances médicos o vacunas inventadas entre los años 1945-1948, dar o tomar un mes a cada lado. Cuando vuelve con Frank, se entera de todas las cosas, incluidos los avances médicos, se ha perdido y luego va a la facultad de medicina para convertirse en cirujana.
Las únicas lagunas en el conocimiento de Claire sobre los avances médicos serían después del año 1968, el año en que regresa a reunirse con Jamie en el pasado y no tendría conocimiento de las vacunas que se habían inventado después de ese momento.
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Si Geillis hubiera nacido en el año 1973 o más adelante, Claire podría haberla confundido fácilmente con alguien del pasado en lugar de ser un contemporáneo cercano ya que la vacuna contra la viruela no se administró después de ese año. Entonces, en resumen, Claire sabe acerca de la vacuna contra la viruela de 1968 porque es la misma vacuna contra la viruela que tuvo entre los años 1910 y 1940.