Las otras respuestas tratan sobre el temperamento (cómo se ajustan las notas para lograr las afinaciones que usamos) o el timbre (la calidad del sonido que producen los diferentes instrumentos). Estoy pensando que tu pregunta es realmente acerca de cómo percibimos los sonidos, independientemente de la afinación o los instrumentos.
La respuesta es sí. El oído humano solo está recopilando datos; es el cerebro el que organiza los datos en lo que escuchamos. Y diferentes cerebros se pueden cablear de forma ligeramente diferente, produciendo resultados diferentes.
Por ejemplo, algunas personas escucharán el mismo intervalo como si estuvieran un poco más o menos en sintonía en diferentes octavas. O cuando se toca una cierta combinación de tonos, su cerebro completará otra nota que no se tocó en absoluto (llamada tono fantasma ).
Existe un campo de estudio completo que investiga cómo las personas perciben la música: psicoacústica – Wikipedia